Для обеспечения многофункциональности, междисциплинарности и комплексности в МЦОС была создана сеть общих и специализированных департаментов, базирующихся, как правило, на существующих научных, образовательных, производственных или общественных организациях различного правового статуса и организационных фор

• Департамент «Культура, религии и национальные традиции»
• Департамент «Литература и языковая подготовка
• Департамент «Образование»
• Департамент «Правовых проблем»
• Департамент «Психология и эргономика»
• Департамент «Информатика, автоматизация и моделирование систем»
• Департамент «Проблем устойчивого развития»
• Департамент «Методики оценки воздействий на окружающую среду»
• Департамент «Управление риском промышленных регионов»
• Департамент «Аэрокосмических методов для рационального природопользования»
• Департамент «Интегрированной подготовки специалистов Системы сертификации по экологическим требованиям»
• Департамент антикоррупционных технологий
• Департамент «Восток-Запад» (взаимодействие культур Европы и Азии)